中國經濟改革研究基金會的領導機構是理事會，學術決策機構為學術委員會，監督機構為監事會，日常事務由秘書處負責；饡貢巸仍O機構有：學術部、慈善部、財務部、投資部、辦公室。
理事會：基金會最高權利機構，由知名學者、專家、資助人代表組成；理事會選舉產生理事長、副理事長。
理事長：孔涇源
理事（按姓氏筆畫為序）：孔涇源、石明磊、張寶龍、張新海、楊冠三、高劍虹、徐驥、黃永山、曹和平、魯利玲、管清友
監事會：基金會的監督機構，依照章程規定的程序檢查基金會財務和會計資料，監督理事會遵守法律、法規、規章和章程的執行情況。
監事長：任俊峰
監事（按姓氏筆畫為序）：馮楚軍、任俊峰、郝思思
秘書處：負責基金會的日常事務和理事會授權的事項。
秘書長：石明磊
副秘書長：張寶龍、張昕、張新海
學術部：承擔基金會學術性行政工作；
慈善部：承擔基金會慈善性行政工作；
財務部：承擔基金會財務性行政工作；
投資部：承擔基金會固收型投資工作；
辦公室：承擔基金會日常運轉性工作。
學術委員會：基金會學術研究活動的評審機構，負責研究資助項目的選擇、審議與驗收工作。
學術委員會主任：宋曉梧
學術委員會委員（按姓氏筆畫為序）：
馬 克 中國經濟體制改革研究會研究員
巴曙松 中國銀行業協會首席經濟學家
王建中 國宏觀經濟學會副會長、研究員
石小敏 中國經濟體制改革研究會高級經濟師
劉世錦 國務院發展研究中心原副主任
朱 玲 中國社會科學院學部委員
宋曉梧 國家發改委原黨組成員、國務院振興東北地區老工業基地領導小組辦公室原副主任
汪同三 中國社會科學院學部委員
張維迎 北京大學國家發展研究院教授
李曙光 中國政法大學研究生院院長、教授
李 強 清華大學社會科學院院長、教授
何 帆 中國人民大學重陽金融研究院高級研究員
李 實 浙江大學文科資深教授，中國收入分配研究院執行院長、人的發展經濟學研究中心主任
余 暉 中國社會科學院工業經濟研究所研究員
鐘 偉 北京師范大學金融研究中心主任、教授
陶 然 中國人民大學經濟學院教授
盛 洪 中國經濟體制改革研究會特邀研究員
曹遠征 中國人民大學國家發展與戰略研究院高級研究員
謝 平 清華大學五道口金融學院教授
溫鐵軍 中國人民大學農業與農村發展學院院長
韓 俊 吉林省委副書記、省長
魯利玲 中國經濟體制改革研究會研究員
樊 綱 中國經濟體制改革研究會副會長
魏 杰 清華大學經濟管理學院教授
王小魯 北京國民經濟研究所副所長、研究員